肠道内益生菌种类繁多，目前已知的肠道内益生菌种类超过1000种。其中较为常见的包括双歧杆菌属（如双歧杆菌、长双歧杆菌等）、乳酸杆菌属（如嗜酸乳杆菌、短小乳杆菌等）、双歧链球菌属（如双歧链球菌B群等）、芽孢杆菌属（如屎肠球菌、硝酸盐还原屎肠球菌等）等。不同种类的益生菌对人体的益处也有所不同。
2不同个体的肠道菌群组成差异极大。除此之外，日常饮食、作息、用药、情绪压力都会改变肠道菌群组成，比如长期高油高脂饮食会让促炎的有害菌占比升高，误用广谱抗生素会一次性杀灭大部分肠道敏感菌，直接打破原有平衡。
