肠道菌群包含了数百种不同的微生物种类。据估计，肠道菌群中的细菌数量可以达到数万亿。这些细菌种类之间的关系非常复杂，会受到人体内部环境和外部环境的影响。肠道菌群是一个极其复杂的生态系统。
健康人肠道内的有害菌没有固定不变的具体数量，整体占肠道总微生物量的比例通常在10%以下，总数量浮动范围在1万亿到10万亿之间，会随生活习惯、年龄变化明显波动。
