肠道里有大约1000种以上的细菌。这些细菌构成了人体肠道微生物群落，也被称为肠道菌群。其中，最常见的细菌属于六个主要的菌群：厌氧菌门（Bacteroidetes）、拟杆菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）、嗜热菌门（Thermophiles）、变形菌门（Proteobacteria）和古菌门（Archaea）。不同的人体肠道菌群组成可以有所不同，且肠道微生物群落的结构和组成在个体之间也有很大的差异。
