粪便中的细菌数量会因为不同的环境和人的健康状况而有所不同,但是粪便中细菌数量通常非常高,可能高达 1000 多个种类的细菌,总数可以达到数十亿甚至上百亿。其中绝大部分都是有益菌群,如肠道菌群,这些细菌有助于消化食物、合成营养物质,维持身体健康。但也有少量的潜在致病菌存在,如沙门氏菌等,需要特别注意。

合格活性纳豆菌产品中,1克所含的活性纳豆菌数量通常在10亿到1000亿之间,具体数值受产品配方、加工工艺影响差异较大。普通家庭自制纳豆用的商用发酵菌剂,大多会添加淀粉、葡萄糖等赋形剂方便保存和分装,这类产品每克的活性菌数大多在10亿到100亿区间。