肠道功能紊乱的恢复时间从数周到数年不等，具体和病情轻重、干预是否及时规范有关，多数症状较轻、干预及时的患者可以在1~3个月内基本恢复。
1. 轻度一过性肠道功能紊乱：大多是短期饮食刺激、熬夜、情绪波动等诱因引发的，没有器质性损伤，也没有长期反复的不适症状，只要及时避开诱因，调整饮食结构，规律作息，一般1~2周就能自行恢复，部分不适明显的补充益生菌也能很快缓解。
2. 中度反复发作者：这类患者已经有持续数周甚至数月的腹痛、腹胀、排便习惯改变等症状，但还没有合并严重的焦虑、抑郁等精神问题，遵医嘱服用调节肠道菌群、改善肠动力、缓解肠痉挛的药物，同时配合长期的饮食作息调整，大多能在1~2个月左右恢复稳定。
3. 合并精神心理问题的重度患者：肠道功能紊乱本身和情绪状态关系密切，如果患者本身长期焦虑、压力过大，甚至已经确诊焦虑症、抑郁症，肠胃不适和情绪不良会形成恶性循环，这类患者恢复周期会明显拉长，大多需要半年以上，部分护理不当的还会反复发作，需要同时做情绪调节和精神方面的干预，才能逐步稳定病情。
