分辨肠道菌群失调可通过身体症状、排便变化结合医学检查综合判断，多数情况能先通过自身表现初步判断，最终确诊需依靠专业检测。
1 观察日常典型身体不适。肠道菌群失调后有害菌过度繁殖，会持续刺激肠黏膜，大部分人会出现莫名腹胀、排气增多且臭味重，还经常会有断断续续的肠鸣，吃一点辛辣、生冷或者油腻的食物就肠胃不舒服，部分人还会伴随长期反复的口臭、皮肤冒痘或者反复湿疹，这都是菌群紊乱影响代谢和免疫力的常见表现。
2 留意排便规律和性状的改变。健康状态下排便一般规律稳定，多为一天1-2次或1-2天一次的成型软便，如果出现不明原因的大便不成形、粘马桶，或是连续几天不排便的便秘，甚至便秘和腹泻交替出现，又排除了吃坏肚子、急性肠胃炎的情况，基本可以判定是肠道菌群失衡。
3 通过专业医学检查确诊。如果自我调整两三天后症状没有缓解，想要明确诊断可以到医院做粪便菌群分析，通过检测粪便中有益菌、有害菌的占比，直接判断菌群是否失衡，也可结合肠镜检查排除肠息肉、炎症性肠病等其他肠道器质性病变，进一步明确诊断。
