肠道菌群是寄居在人体肠道内的全部微生物群落的统称，它与人体形成稳定的互利共生关系，参与调控多项核心生理过程，是维持人体健康不可或缺的特殊“隐形器官”。
1. 基本构成与个体差异性。人体肠道内的微生物总数量超十万亿，种类可达上千种，以细菌为绝对主体，还包含少量真菌、古菌和病毒。从分布来看，小肠因为蠕动快、受胃酸影响大，菌群数量很少，大肠尤其是结肠是菌群定植的主要场所，种类和数量都占了肠道菌群的九成以上。每个人的肠道菌群组成都有独特性，和指纹一样因人而异，出生方式、日常饮食结构、年龄、抗生素用药史都会明显改变菌群的组成结构。
2. 核心生理功能。肠道菌群对人体的作用远不止帮助消化：它可以分解人体自身消化酶无法处理的膳食纤维等物质，产生短链脂肪酸等对人体有益的代谢产物，既给肠道细胞提供能量，还能调节炎症反应、维持肠道屏障完整；还能帮助人体合成B族维生素、维生素K等必需的营养物质；肠道菌群会优先占据肠道黏膜的附着位点，通过营养竞争抑制有害致病菌的繁殖，还能持续刺激免疫系统发育，让免疫系统保持正常的应答能力，避免过敏或者自身免疫异常问题。
3. 菌群失衡对健康的影响。健康状态下肠道菌群是动态平衡的，一旦平衡被打破，就会引发多种健康问题：最直接的就是出现便秘、腹泻、肠易激综合征等肠道本身的问题；近年大量研究也证实，长期菌群失调还和肥胖、2型糖尿病、脂肪肝等代谢性疾病，过敏性鼻炎、类风湿性关节炎等免疫相关疾病，甚至焦虑抑郁、阿尔茨海默病等神经精神系统疾病的发生发展密切相关。目前调整肠道菌群已经成为干预多种疾病的重要方向，常见方式包括调整饮食结构、补充益生菌/益生元、粪菌移植等。
